La palabra cuitlacoche deriva del náhuatl clásico cuitlacochi, compuesto de las raíces cuitlatl y cochi. Del análisis morfo-sintáctico de la palabra, primeramente está el verbo cochi, que significa ‘duerme’, mientras que el sustantivo cuitlatl es malinterpretado como ‘excremento’, sin embargo, la raíz cuitlatl más bien se refiere a una excrecencia; de esta manera, la palabra cuitlacochi se refiere a la característica del hongo que crece entre los granos del maíz, impidiendo que se desarrollen, permaneciendo de esta manera “dormidos”.